Аутор Тема: Y-днк хаплогрупа R1а  (Прочитано 51531 пута)

Ван мреже Синиша Јерковић

  • Аскурђел
  • **********
  • Поруке: 3942
  • I2-PH908
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #80 послато: Март 27, 2014, 07:31:28 поподне »
http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/extref/ejhg201450x5.xls:




Бане, данас сам и ја видио линк за истраживање код Диенекеса, али хвала ти на овим линковима за табеле. Мало су ми чудни ови СНП-ови које су користили у истраживању, рецимо М558 (видио сам на форумима да је то отприлике еквивалент за ЦТС 1211, који је најзаступљенији од свих српских варијанти Р1а).

Међутим, свакако највеће изненађење је висока присутност М458 међу Хрватима (од 28,5 % хаплогрупе Р1а међу Хрватима чак 19,5 % је М458). То је једна од већих фреквенција М458 и на европском нивоу. А ова вриједност практично одваја Хрвате као специфичну генетску популацију на Балкану у односу на све остале јужнословенске народе, укључујући и Словенце код којих је М458 тек 2,2%. Познато је иначе да највећи проценат М458 у Европи имају Лужички Срби. Иронија је да су Хрвати генетски сличнији Лужичким Србима него сами јужни Срби.
Ако су Хрвати тражили неку своју посебност на Балкану мислим да су је кроз овакву вриједност Р1а М458 свакако добили. Оно што је Ђорђе Јанковић говорио да су у археолошком смислу, средњовјековни Хрвати веома лако препознатљива популација која се у низу карактеристика одваја од остатка словенске популације Балкана сада као да добија и генетску потврду. Јанковић је иначе ту хрватску археолошку културу повезивао са неким елементима степске културе Бугара. А Бугари, иако немају пуно Р1а су поред Хрвата једини на Балкану код којих М458 у укупном удјелу Р1а достиже високе проценте.
 


Ван мреже Завала

  • Гост
  • *
  • Поруке: 14
  • R1a-L366
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #81 послато: Март 27, 2014, 09:59:58 поподне »
Претпостављам да је овако велики удио хаплогрупе R1a-M458 (67,7% од укупне R1a популације), међу популацијом у Хрватској, једноставно резултат погрешне интерпретације резултата.

Узрок томе може бити или да су ово резултати неког "давнашњег" истраживања (урађеног прије 2010-е) или да су ознаке SNP-ова криво интерпретиране и позициониране у хијерархији. Уосталом, лако је уочити да је у овоме раду Y-SNP Z280, смјештен "узводно" од Y-SNP-ова Z282 i Z284, што нема везе са стварном хијерархијом ISOGG стабла. Наиме Y-SNP Z282 је за један ниво "узводно" од Y-SNP-ова Z280 и Z284 и веђ споменутог M458, а ова три Y-SNP-a су на хијерархијски истом нивоу, што се лијепо може видјети на графичком приказу стабла R1a1a хаплогрупа, који је Млађо поставио четири поста раније на овој теми.

Увидом у резултате груписане на "Српском ДНК пројекту", може се видјети да је удио R1a-M458 међу свим R1a резултатима мали и да износи свега око 7% (6 узорака од укупно 89). Међу ових 6 узорака петорица су Срби, а један је Хрват.

Такођер, ако бацимо поглед на резултате R1a1a and Subclades Y-DNA Project-а, на Family Tree DNA, већина резултата етничких Хрвата је међу хаплогрупама од R1a-Z280, a врло мало међу R1a-M458.

Тако да нема основе за прихватање претпоставке да су Хрвати генетски специфични у односу на Србе, барем када се ради о онима који су припадници хаплогрупе R1а1а, jeр је и код једних и код других R1a-Z280 већински. За разлику, наравно, од Лужичких Срба, за које је познато и из ранијих истраживања да су већински R1a-M458.

Ван мреже Синиша Јерковић

  • Аскурђел
  • **********
  • Поруке: 3942
  • I2-PH908
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #82 послато: Март 27, 2014, 10:19:11 поподне »
Претпостављам да је овако велики удио хаплогрупе R1a-M458 (67,7% од укупне R1a популације), међу популацијом у Хрватској, једноставно резултат погрешне интерпретације резултата.

Узрок томе може бити или да су ово резултати неког "давнашњег" истраживања (урађеног прије 2010-е) или да су ознаке SNP-ова криво интерпретиране и позициониране у хијерархији. Уосталом, лако је уочити да је у овоме раду Y-SNP Z280, смјештен "узводно" од Y-SNP-ова Z282 i Z284, што нема везе са стварном хијерархијом ISOGG стабла. Наиме Y-SNP Z282 је за један ниво "узводно" од Y-SNP-ова Z280 и Z284 и веђ споменутог M458, а ова три Y-SNP-a су на хијерархијски истом нивоу, што се лијепо може видјети на графичком приказу стабла R1a1a хаплогрупа, који је Млађо поставио четири поста раније на овој теми.

Увидом у резултате груписане на "Српском ДНК пројекту", може се видјети да је удио R1a-M458 међу свим R1a резултатима мали и да износи свега око 7% (6 узорака од укупно 89). Међу ових 6 узорака петорица су Срби, а један је Хрват.

Такођер, ако бацимо поглед на резултате R1a1a and Subclades Y-DNA Project-а, на Family Tree DNA, већина резултата етничких Хрвата је међу хаплогрупама од R1a-Z280, a врло мало међу R1a-M458.

Тако да нема основе за прихватање претпоставке да су Хрвати генетски специфични у односу на Србе, барем када се ради о онима који су припадници хаплогрупе R1а1а, jeр је и код једних и код других R1a-Z280 већински. За разлику, наравно, од Лужичких Срба, за које је познато и из ранијих истраживања да су већински R1a-M458.

Искрено, не знам, нисам прочитао интегрални текст истраживања. Видим да има грешака у хијерархијсом смјештању СНП-ова, али М458 не би требао бити споран. Претпостављам да су користили резултате ранијих истраживања, али да су их накнадно СНП тестирали. Ако је било тако онда је могућност за грешку мала тј. вјероватно су на СНП М458 тестирали давно прикупљени генетски материјал. И ту нема дилеме, или је позитиван или негативан на СНП М458.

Грешке би заиста могло да буде ако је предикција рађена предикторима на основу СТР резултата, што чисто сумњам, јер нема ефективног начина да се на основу малог броја тестираних СТР маркера одреде све гране Р1а.

Обухват рада и  репрезентативан ауторски тим не би требали да направе такве драстичне грешке. Тако да не знам шта да мислим...

Ван мреже Завала

  • Гост
  • *
  • Поруке: 14
  • R1a-L366
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #83 послато: Март 27, 2014, 10:49:38 поподне »
Искрено, не знам, нисам прочитао интегрални текст истраживања. Видим да има грешака у хијерархијсом смјештању СНП-ова, али М458 не би требао бити споран. Претпостављам да су користили резултате ранијих истраживања, али да су их накнадно СНП тестирали. Ако је било тако онда је могућност за грешку мала тј. вјероватно су на СНП М458 тестирали давно прикупљени генетски материјал. И ту нема дилеме, или је позитиван или негативан на СНП М458.

Грешке би заиста могло да буде ако је предикција рађена предикторима на основу СТР резултата, што чисто сумњам, јер нема ефективног начина да се на основу малог броја тестираних СТР маркера одреде све гране Р1а.

Обухват рада и  репрезентативан ауторски тим не би требали да направе такве драстичне грешке. Тако да не знам шта да мислим...
Сва масовна некомерцијална истраживања узорака се раде искључиво анализом Y-STR маркера, и то на малом броју маркера (између 12 и 17). Никада се не раде испитивања узорака на појединачне Y-SNP-ове (јер за такво нешто нема нити средстава нити времена), неко се на основу Y-STR резултата врши класификовање узорака у унапријед дефинисане хаплогрупе. Тако је и овај 21 узорак континенталних Хрвата, упао у R1a-M458, oд kojих вјероватно ту већини није мјесто. Да је извршено испитивање на појединачне Y-SNP-ове, већина тих узорака би била негативна на М458, а позитивна на Z280, који је у овом раду позициониран "узводно" од М458, што тек нема никаквог смисла.

Ван мреже Синиша Јерковић

  • Аскурђел
  • **********
  • Поруке: 3942
  • I2-PH908
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #84 послато: Март 27, 2014, 11:17:02 поподне »
Сва масовна некомерцијална истраживања узорака се раде искључиво анализом Y-STR маркера, и то на малом броју маркера (између 12 и 17). Никада се не раде испитивања узорака на појединачне Y-SNP-ове (јер за такво нешто нема нити средстава нити времена), неко се на основу Y-STR резултата врши класификовање узорака у унапријед дефинисане хаплогрупе. Тако је и овај 21 узорак континенталних Хрвата, упао у R1a-M458, oд kojих вјероватно ту већини није мјесто. Да је извршено испитивање на појединачне Y-SNP-ове, већина тих узорака би била негативна на М458, а позитивна на Z280, који је у овом раду позициониран "узводно" од М458, што тек нема никаквог смисла.

Као што рекох, док не видим интегрални текст и не прочитам начин обраде података, не могу да тврдим ни ово ни оно. Једино што може да се види из табела је да су радили са резултатима из рада http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2987245/ који су апдејтовани, а не видим који други апдејт би могао да буде сем СНП анализе.

Знам да доста научних радова користи предиктора, али их има исто тако доста који раде и СНП анализу. Предиктори се користе махом за одређивање основних хаплогрупа. веома ријетко или готово никад за одређивање подграна, јер на основу 17 маркера нико се неће упустити у такву несигурну операцију одређивања подграна. Тако да сам 80% сигуран да су у овом случају радили СНП анализу.

Хијерархијско филогенетско стабло које су представили је посебна прича, која им свакако не служи на част, јер је очигледно да нису користили уопште податке из комерцијалних лабораторија и са пројеката, који су неколико корака испред научних институција. Али како да научници то прихвате?

Ван мреже Завала

  • Гост
  • *
  • Поруке: 14
  • R1a-L366
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #85 послато: Март 30, 2014, 06:48:46 поподне »
Као што рекох, док не видим интегрални текст и не прочитам начин обраде података, не могу да тврдим ни ово ни оно. Једино што може да се види из табела је да су радили са резултатима из рада http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2987245/ који су апдејтовани, а не видим који други апдејт би могао да буде сем СНП анализе.

Знам да доста научних радова користи предиктора, али их има исто тако доста који раде и СНП анализу. Предиктори се користе махом за одређивање основних хаплогрупа. веома ријетко или готово никад за одређивање подграна, јер на основу 17 маркера нико се неће упустити у такву несигурну операцију одређивања подграна. Тако да сам 80% сигуран да су у овом случају радили СНП анализу.

Хијерархијско филогенетско стабло које су представили је посебна прича, која им свакако не служи на част, јер је очигледно да нису користили уопште податке из комерцијалних лабораторија и са пројеката, који су неколико корака испред научних институција. Али како да научници то прихвате?

Начин обраде података, публикованих у овоме раду је детаљно описан овдје: http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/extref/ejhg201450x7.doc

Као што можете прочитати, сврставање у поједине хаплогрупе означене терминалним Y-SNP-овима је, ипак, урађено на основу измјерених вриједности Y-STR маркера (и то максимално 19) појединачних узорака.

Даље, табела, која се налази у овоме раду и коју је овдје пренио Бане је погрешна. То јест Бане је добро пренио табелу, само су је аутори рада криво попунили.

Наиме, ако погледате садржај табела означених са S3 и S5, на овоме линку: http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/extref/ejhg201450x5.xls , видјет ћете да је у ствари, укупан број узорака из Хрватске, који су позитивни на М458 једнак 14 (четрнаест), а не 21, као што је погрешно приказано у табели означеној са S4. Такођер, видјет ћете и да је број узорака из Хрватске, који су позитивни на М558 једнак 52 (педесет и два).

Овај однос између М458 и М558 (који одговара CTS1211, a који је један ниво низводно од Z280), od 1:3 je већ реалан за узорке узете међу популацијом западнобалканских држава.

Ван мреже Синиша Јерковић

  • Аскурђел
  • **********
  • Поруке: 3942
  • I2-PH908
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #86 послато: Март 30, 2014, 09:53:44 поподне »
Начин обраде података, публикованих у овоме раду је детаљно описан овдје: http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/extref/ejhg201450x7.doc

Као што можете прочитати, сврставање у поједине хаплогрупе означене терминалним Y-SNP-овима је, ипак, урађено на основу измјерених вриједности Y-STR маркера (и то максимално 19) појединачних узорака.

Даље, табела, која се налази у овоме раду и коју је овдје пренио Бане је погрешна. То јест Бане је добро пренио табелу, само су је аутори рада криво попунили.

Наиме, ако погледате садржај табела означених са S3 и S5, на овоме линку: http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/extref/ejhg201450x5.xls , видјет ћете да је у ствари, укупан број узорака из Хрватске, који су позитивни на М458 једнак 14 (четрнаест), а не 21, као што је погрешно приказано у табели означеној са S4. Такођер, видјет ћете и да је број узорака из Хрватске, који су позитивни на М558 једнак 52 (педесет и два).

Овај однос између М458 и М558 (који одговара CTS1211, a који је један ниво низводно од Z280), od 1:3 je већ реалан за узорке узете међу популацијом западнобалканских држава.

Завала, начин обраде података није детаљно описан у линку који си послао. Из онога што тамо пише не може се закључити да ли је рађена СНП анализа или није.

Ова друга табела коју си послао односи се само на оне узорке који су изабрани да би се урадили СТР дијаграми и прорачунала СТР диверсификација хаплотипова, а као што си и сам видио тамо су помјешани подаци из више истраживања за Хрватску: острва и маинланд. Ни број узорака од 108 не одговара маинланду који нас овдје првенствено и интересује, јер се податак о високом броју М458 односио управо на то истраживање.

Опет кажем, немогуће је на 19 маркера добити било какву јасну предикцију свих грана унутар Р1а и ријетко који би се и аматер упустио у такву операцију. Мада, све је могуће.

И даље нам треба интегрални текст истраживања , гдје је јасно написано како је рађена анализа резултата.

Ван мреже Синиша Јерковић

  • Аскурђел
  • **********
  • Поруке: 3942
  • I2-PH908
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #87 послато: Март 30, 2014, 10:31:13 поподне »
Ево сад сам погледао табелу из рада којег је радила иста екипа и који је коришћен за горњу студију. Они јесу радили СНП анализу, али је проблем што су податке из ко зна којег разлога погрешно преносили и уписивали. Значи, у овом претходном раду из 2009, тачно је назначен удио М458 у многим популацијама. Ову табелу сам негдје раније гледао и послије нисам могао да је нађем, а ево сад је нађох и мислим да је веома корисна за Р1а хаплогрупу.

И Завала, у праву си био, М458 код Хрвата не прелази уобичајен ниво.

Ево табеле, обратите пажњу на табелу бр.2

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2987245/bin/ejhg2009194x4.pdf

Ван мреже млађо

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 799
  • R1a Z280 L1280 YP3992
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #88 послато: Април 29, 2014, 12:41:37 пре подне »
Нова рачвања и SNP-ови:


Извор: https://www.familytreedna.com/public/r1a/default.aspx?section=results

Ван мреже Синиша Јерковић

  • Аскурђел
  • **********
  • Поруке: 3942
  • I2-PH908
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #89 послато: Април 29, 2014, 11:19:40 пре подне »
Нова рачвања и SNP-ови:


Извор: https://www.familytreedna.com/public/r1a/default.aspx?section=results

Млађо, има ли каквих нових значајних промјена или прегруписавања?  Претпостављам да су овдје уврштени и Big Y резултати. То би требали бити ови СНП-ови са Y ознаком.

Ван мреже млађо

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 799
  • R1a Z280 L1280 YP3992
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #90 послато: Април 29, 2014, 11:56:26 поподне »
Млађо, има ли каквих нових значајних промјена или прегруписавања?  Претпостављам да су овдје уврштени и Big Y резултати. То би требали бити ови СНП-ови са Y ознаком.


Синиша,
тренутно нема неких спектакуларних открића, резултати BigY теста полако се обрађују...свакако је сада јаснија слика рачвања појединих грана R1a као и откривање нових ове хаплогрупе.
Имена СНП-ова се дају невезано да ли је тестирање рађено под BigY или било којом другом врсти тестирања...примјера ради, нови СНП-ови откривени помоћу BigY теста, по правилу су означени једноставном шифром, нпр.: ”10038192”, тек накнадно бива ”прекрштен” и добија ново и прикладније ”име” које може да полази са Y..., М..., CTS..., L... итд.
« Последња измена: Мај 04, 2014, 03:03:13 пре подне млађо »

Ван мреже Синиша Јерковић

  • Аскурђел
  • **********
  • Поруке: 3942
  • I2-PH908
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #91 послато: Април 30, 2014, 08:17:28 пре подне »

Синиша,
тренутно нема неких спектакуларних открића, резултати BigY теста полако се обрађују...свакако је сада јаснија слика рачвања појединих грана R1a као и откривање нових ове хаплогрупе.
Имена СНП-ова се дају невезано да ли је тестирање рађено под BigY или било којом другом врсти тестирања...примјера ради, нови СНП-ови откривени помоћу BigY теста, по правилу су означени једноставном шифром, нпр.: ”10038192”, тек накнадно бива ”прекрштен” и добија ново и прикладнија ”име” које може да полази са Y..., М..., CTS..., L... итд.

Y Big тест ће помјерити ствари напријед. штета што је тако скуп, па ће се мањи број људи тестирати, али битно је да се дефинишу нови огранци и да се нађу кључни СНП-ови, а затим ће појединци моћи да тестирају само те СНП-ове, а не цијели Y Big тест.

Недавно ми је писао Зденко Марковић, који је коадминистратор И2а пројекта и администратор Dinaric Alps пројекта на ФТДНА.
Y Big тест је, по информацијама које је послао, успио наћи нове СНП-ове који коначно дијеле Динарик грану. Подјела је нешто више узводно, тј. не иде по линији Нортх-Соутх, али ствари су се покренуле, тако да ће се ускоро вјероватно доћи до још млађих огранака за ову, на нове СНП-ове отпорну хаплогрупу.

Ван мреже Жељко Јарић

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 90
  • R-Y2608 | карпатско-далматински
    • LinkedIn
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #92 послато: Јул 01, 2014, 04:08:26 пре подне »
Zašto na pregledu svih haplogrupa "Srpskog DNK projekta" i dalje nema ni reči o haplogrupi R:


http://poreklo.rs/srpski-dnk-projekat/kategorije-pregled/?catid=504


Nije logično s obzirom na procentualnu zastupljenost među dosada testiranima (skoro 26%)...

Тко вриједи лети, тко лети вриједи, тко не лети не вриједи

Ван мреже Синиша Јерковић

  • Аскурђел
  • **********
  • Поруке: 3942
  • I2-PH908
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #93 послато: Јул 01, 2014, 11:52:56 пре подне »
Zašto na pregledu svih haplogrupa "Srpskog DNK projekta" i dalje nema ni reči o haplogrupi R:


http://poreklo.rs/srpski-dnk-projekat/kategorije-pregled/?catid=504


Nije logično s obzirom na procentualnu zastupljenost među dosada testiranima (skoro 26%)...

Жељко, слажем се. Текстове за све хаплогрупе сам писао ја. Ишао сам по реду како су групе посложене у номенклатури. Када сам дошао до хаплогрупе Р понестало ми је и снаге и времена. Поготово јер је писати о хаплогрупи Р прилично обиман посао. То је вјероватно најиспистанија хаплогрупа са мноштвом података. Надам се да ћу успјети завршити и тај дио посла.

Од хаплогрупа са наших простора остаће ми практично онда само још хаплогрупа Q.

Ван мреже Завала

  • Гост
  • *
  • Поруке: 14
  • R1a-L366
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #94 послато: Јул 12, 2014, 11:15:08 пре подне »
Предухитрио бих друга Млађу. Постављам актуелни графички приказ класификације подгрупа и секција са R1a1a and Subclades Y-DNA Projectа са FTDNA.



У односу на стање које је постао Млађо у априлу, од значаја за "наше" R1a је појава четири нова SNP-a у подгрупи Z92 (основне групе R1a-Z280), тако да ће се господин Благојевић наћи у ситуацији да искешира нови износ FTDNA-u  ;)
« Последња измена: Јул 12, 2014, 09:12:31 поподне Завала »

Ван мреже млађо

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 799
  • R1a Z280 L1280 YP3992
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #95 послато: Август 18, 2014, 11:56:37 поподне »
Нова рачвања и SNP-ови:


Miloš Bogdanović

  • Гост
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #96 послато: Август 28, 2014, 02:51:16 пре подне »
Dragi ljudi, može biti da je ta M558 poreklom od Balta, koji su braća od Slovena ne samo genetski već i lingvistički. Zbog sličnosti, postoji hipoteza da je trački jezik poreklom od baltičke grupe jezika (litvanski i letonski jezik). U tom slučaju su nekada davno Balti (nordidi) došli u kontakt sa Tračanima (mešavina prototračke rase i mediteranaca i dinaraca) i nametnuli im svoj jezik i sa njima se genetski pomešali. Tako da gde god ima potomaka tih baltizovanih (nordizovanih) Tračana, ima i njihovog M588. Treba da ih ima kod nas najviše na području Negotinske krajine, zatim Makedonije, Bugarske, Albanije, ali i na području drevne Grčke.

Evo pogledajte mapu ovog prototračkog markera, jer su se tu svakako i ti baltički nordidi zajedno sa njima (Tračanima) raširili:


Ван мреже млађо

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 799
  • R1a Z280 L1280 YP3992
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #97 послато: Септембар 26, 2014, 11:54:47 поподне »
Mladjo,da li se sada moze osvjeziti statistika za bosanskohercegovacke Srbe.Mislim da je sada slika drugacija i da R1a ima mnogo veci procenat.


Здраво,
мислим да истраживање родова који славе Аврамијевдан не можемо узимати као нешто што би могло да буде меродавно као статистички податак за читаву ДБиХ...шта више, оно заправо ремети да не кажем ”лажира” општу званичну статистику.  ;D
Заступљеност хаплогрупе R1a код Срба у ДБиХ, не би требала да буде виша од 15%-16%.
« Последња измена: Септембар 27, 2014, 12:57:07 пре подне млађо »

Аксић

  • Гост
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #98 послато: Новембар 05, 2014, 05:45:22 поподне »
.
« Последња измена: Април 01, 2015, 02:53:10 пре подне Аксић »

На мрежи Црна Гуја

  • Уредник
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 837
Одг: Y-днк хаплогрупа R1а
« Одговор #99 послато: Новембар 05, 2014, 07:19:49 поподне »
Oko 5000 godina za obe čini mi se.